打通“信息孤岛” 实现玉米多组学数据“云端”集成检索分析

作者:   时间:2020-10-13 15:38
  玉米是我国最重要的农作物之一,总产量和栽培面积跃居全国榜首。近年来,我国玉米根底研讨起步晚、前进快,取得了显著成绩。特别是跟着高通量检测技能的快速展开,玉米相关的生物学数据朝着多组学、多维度的层面快速堆集。但我国学者对根底研讨的资料和数据的搜集和同享长时间依靠世界数据库,国内玉米研讨的资料和数据的同享渠道亟待加强。一起,现有的玉米数据库大多重视一种或特定几种组学数据,不同数据库之间难以有用整合运用,形成了一个个“信息孤岛”。
  近来,华中农业大学严建兵教授课题组成功整合了来自于同一玉米集体的基因组、转录组、表型组、代谢组、表观基因组、遗传变异以及遗传定位效果等多组学数据,构建了一个玉米属归纳数据库ZEAMAP(http://www.zeamap.com/),并内嵌了基因组“浏览器”和“搜索引擎”,完成对相关组学数据的高度集成、快速检索和智能剖析。
  该数据库以严建兵课题组牵头搜集并被国内外同行广泛运用的玉米相关集体为根底(据不完全统计,该集体现已被超越60个国内外实验室所运用,严建兵课题组已分发的资料多达15000余份,现已产生了很多的各类数据和效果),搜集整合了该集体的基因组、转录组、表型组、代谢组、表观基因组、遗传变异以及遗传定位效果等多组学数据,构建了一个玉米属归纳数据库ZEAMAP。该数据库一起收录了4个玉米基因组和1个大刍草基因组,并进行了具体的功用注释,内嵌了基因组“浏览器”以及丰厚的数据检索、剖析和展现东西,能够直观地对比较基因组、基因共线性区块、表达形式聚类、遗传变异基因型、连锁图谱、遗传定位效果、染色质交互、组蛋白润饰以及集体水平的DNA甲基化等多组学数据进行检索和剖析,并供给相应的条目链接,完成在不同组学数据之间进行跳转拜访。
  严建兵课题组表明,将继续保护和更新该数据库,敞开同享数据和资料,欢迎广阔科研工作者运用并提改善定见。并等待这一云端集成检索有用促进对玉米现有组学数据资源的运用,有助于深化了解玉米遗传变异、表型和基因之间的联系,辅佐玉米的遗传育种和改进,一起促进科学事业的展开。
  相关效果以“ZEAMAP,a Comprehensive DatabaseAdapted to the Maize Multi-Omics Era”为题宣布在iScience杂志。华中农业大学植物科学技能学院博士后桂松涛博士为论文榜首作者,植物科学技能学院严建兵教授和博士后杨宁博士为论文通讯作者。我校作物改进国家重点实验室以及深圳华大基因科技服务有限公司对该研讨的展开供给了大力支持。该研讨得到了国家重点研制方案和国家自然科学基金的赞助。
  论文链接:https://www.cell.com/iscience/fulltext/S2589-0042(20)30426-0 日期:2020-10-13